Какой прогой можно ЗАМЕНИТЬ АУДИО дорожку В MKV беспроблемно?

AviDemux, например.
0. Открываешь.
1. В списках слева Video и Audio ставишь Copy, в списке Format — MKV
2. Меню Audio ? Main Track ? External MP3 ? выбираешь файл.
3. Меню File ? Save ? Save Video.

Видео- и аудио-потоки не перекодируются, а просто сливаются (муксятся).
Аудио можно слегка подогнать — слева галка Shift, указываешь время в миллисекундах.